Тестирование, исправление и т.д. не помогло, хотя и лишний раз не помешает.
Единственный рабочий рецепт:
1) выгрузить текущую конфу
2) загрузить конфу поставщика — не битую (именно загрузить)
3) Не обновлять конфигурацию базы
4) Разрешить изменения
5) сравнить объединить с конфой из пункта 1)
6) обновить конфигурацию базы данных
Вывод — конфа поставщика заменена на типовую/небитую + все наши изменения в конфе/данные сохранены.
https://forum.infostart.ru/forum86/topic175649/